L’any 1990 es celebra el II Congrés de la JSC-Barcelona, en el que resultaren escollits Iñaki Guerrero (JSC-Sant Martí), com Primer Secretari, i Jaume Lluís (JSC-Sant Andreu), com Secretari d’Organització. El període que va entre aquest i el següent congrés es de vital importància per a la JSC-Barcelona, ja que la seva direcció va haver de realitzar importants esforços per a reorganitzar les Agrupacions (ents territorials) de la JSC, que havien estat anteriorment dissoltes en un intent de substituir l’estructura organitzativa basada en les agrupacions locals territorials de joves socialistes per una altra basada en la sectorialització de la JSC.

El 29 d’abril de 1994, en el Centre Cívic Transformadors, avui Casal d’Associacions Juvenils, situat al carrer Ausiàs March, en el barri de Fort Pius, es celebra el III Congrés de la JSC-Barcelona, en el que surten escollits Imma Moraleda (JSC-Nou Barris), com Primera Secretaria, Ignasi Camós (JSC-Gràcia), com Viceprimer Secretari, i Lluís Fuentes (JSC-Sants), com Secretari d’Organització.

El 18 de Maig de 1996, en el Centre Cívic Can Basté, de Nou Barris, tingué lloc el IV Congrés de la JSC-Barcelona, en el qual foren escollits Michael Cáceres (JSC-Gràcia), com Primer Secretari, Lluís Díez (JSC-Les Corts) com Viceprimer Secretari, i Ferran Pedret (JSC-L’Eixample) com Secretari d’Organització. La divisió interna que s’havia anat gestant des de l’any 1995 provocà que aquest mandat fos breu, ja que gran part de la Comissió Executiva de la Federació dimiteix poc abans del IX Congrés de la JSC, durant el transcurs d’una sessió del Consell de Federació que es celebra a la seu del PSC, al Carrer Nicaragua de Barcelona, en solidaritat amb el Viceprimer Secretari, la gestió del qual havia estat rebutjada per un estret marge en dita sessió.

El 15 de març de 1997, en el Centre Cívic Barceloneta, es celebra el V Congrés de la JSC-Barcelona, en el transcurs del qual queda reflectida la situació de greu divisió interna que sofria la Federació de Barcelona de la JSC. En el Congrés s’enfronten dues opcions que es reparteixen el suport dels delegats pràcticament al 50%. La primera, encapçalada per Ferran Pedret (JSC-L’Eixample), com candidat a la Primera Secretaria, i l’altra, encapçalada finalment per Jordi Escolà (JSC-Nou Barris), com candidat a Primer Secretari. La primera de les candidatures mencionades es retira i resulten escollits els integrants de la segona candidatura, amb tan sol 40 vots a favor, per 43 abstencions registrades. Així, resultaren escollits els companys Jordi Escolà (JSC-Nou Barris), com Primer Secretari, i la companya Georgina Fabrés (JSC-Sants), com Secretari d’Organització.

El 22 de novembre de 1997, a la seu del PSC de Barcelona, i com fruït de la dimissió de Jordi Escolà com Primer Secretari de la Federació, tingué lloc el VI Congrés de la JSC-Barcelona. En el transcurs d’aquest foren escollits, amb un 86% de vots, Ferran Pedret (JSC-L’Eixample), com Primer Secretari, i David Escudé (JSC-Sant Martí), com Secretari d’Organització. En aquest Congrés s’aprova un nou reglament de Congressos que refunda, actualitza i articula coherentment els diversos reglaments preexistents a la Federació (Reglament de Federació, de Congressos de la Federació, del Consell de Federació, de la Comissió Executiva, de les Comissions de Treball i de les Agrupacions). Es configura durant aquest mandat una línia política d’esquerra socialista i un creixement organitzatiu significatiu.

El 4 i 5 de novembre de l’any 2000, novament al Centre Cívic Barceloneta, es celebra el VII Congrés de la JSC-Barcelona. En aquest Congrés fou reescollit, amb un 94% dels vots, Ferran Pedret (JSC-L’Eixample), com Primer Secretari, i Albert Deusedes (JSC-Sants), com Secretari d’Organització, va substituir a David Escudé (JSC-Sant Martí). En aquest Congrés la Federació de Barcelona de la JSC reglamenta l’obligatorietat per als militants de satisfer una quota periòdica a la JSC-Barcelona mitjançant domiciliació bancària. Durant aquest període la JSC-Barcelona juga un paper important en les mobilitzacions contra les reformes educatives o laborals del govern conservador del PP o contra la cimera fallida del Banc Mundial. A la seva vegada, teixeix fortes relacions amb els moviments socials catalans.

El 14 i 15 de febrer de l’any 2004, al Centre Cívic Cotxeres Borrell, situat al barri de Sant Antoni, es reuní el VIII Congrés de la JSC-Barcelona, on fou escollit Óscar J. García (JSC-Sant Martí), com Primer Secretari, i José Luis Díaz (JSC-Nou Barris), com Secretari d’Organització. Finalment el 22 i 23 d’Abril del 2006 al Centre Cívic la Farinera es celebra el IX Congrés de la JSC-Barcelona resultant escollits Javier López (JSC-Les Corts), com Primer Secretari, Manolo Martínez (JSC-Sant Martí) com Secretari d’Organització i David Frontela (JSC-Nou Barris) com Adjunt a Organització, produint-se una forta renovació generacional en la direcció de l’organització.

LA Federació de Barcelona de la Joventut Socialista de Catalunya sempre s’ha caracteritzat per tenir un enèrgic debat ideològic i gran capacitat per a la creació de discurs. A nivell intern ha practicat una forta radicalitat democràtica i ideològicament s’ha identificat amb l’esquerra socialista. Totes elles característiques que manté en la actualitat.

Per altra banda, manté forts llaços amb la xarxa associativa juvenil de la ciutat de Barcelona i ha format part en diverses ocasions del secretariat del Consell de la Joventut de Barcelona (CJB). Actualment és la Federació amb major nombre d’afiliats de la Joventut Socialista de Catalunya i compta amb 11 Consellers de Districte ocupant diferents responsabilitats a nivell municipal.